この縄文杉を見学に行くには片道３～５時間かけての山登りが必要となり、観光客のトイレの問題やゴミの問題が屋久島の環境汚染のひとつとなっています。
屋久島の山岳部には複数のトイレが設置されているのですが、汲み取り式で今までは現地処理されていました。
しかし設置場所の問題や登山客の増加に伴い、自然環境や水源の汚染が懸念されています。
そこで平成２０年度より、山岳部トイレのし尿を人力で搬出、里まで運ぶこととなりました。
その費用の負担として募金（協力金）をお願いしています。

屋久島はその観光客の急増による環境破壊が進み問題となっていました。
世界遺産である屋久島の自然を守るために２０１１年度から初めて入山制限に踏み切り、初のエコツーリズム推進法が適用されています。
屋久島には２００名近いガイドが活動しており、屋久島地区エコツーリズム推進協議会が定めた「屋久島ガイド登録・認定制度」に登録しているガイドで、屋久島の自然環境や歴史、文化を守りつつ、地域の内外から訪れる観光客などに屋久島のすばらしさを伝えています。

ここ数年、自然体験ツアーや自然動物のウオッチングツアーなど、自然を取上げた旅行が人気になっています。
しかしそういったツアーはただ観光地に行って見て、帰るだけのものや、楽しければいい、といった環境や自然保護は度外視されたものが多く見受けられました。
それは単に自然を見るだけのもので、自然環境や自然保護とは遠いものでした。

内容は、各地域の自然・歴史・文化といった資源を保護しながらこれらを生かした観光を行うこと。
具体的には旅行者や見学者を受け入るにあたって、その地の行政や旅行業者、住民は資源保護のために人数制限や区域の制限などを実施し、又、ガイドの養成や訪れる人の理解や協力を得る為の取り組みを行ったりします。罰則もあります。
身近な環境の保護の意識が高まり、パッケージツアーなどでも自然体験ツアーが多くなっています。